Nahibu est le seul test de microbiote grand public analysé dans un laboratoire français par séquençage shotgun. C’est un vrai argument, et il est vérifiable. Mais en novembre 2025, la Société Française de Microbiologie a publié dans la revue Gut une étude qui remet en cause la fiabilité de toute cette catégorie de tests. Voici ce que contiennent réellement les 14 pages du rapport, ce que la méthode permet de dire, et ce qu’elle ne permet pas.
- Nahibu est le seul test grand public français analysé par séquençage shotgun dans son propre laboratoire, à Rennes. Kit à 199 €, consultation facultative à 50 €.
- Le rapport fait 14 pages et remet la table d’abondance complète des espèces détectées — plus que la moyenne du marché. Un exemple est téléchargeable avant l’achat.
- ⚠️ La Société Française de Microbiologie a envoyé le même échantillon de selles à cinq laboratoires français : l’indice d’alpha-diversité a varié de 3,64 à 6,11 et les conclusions se contredisaient (Gut 2026;75(7):1454). Les laboratoires ne sont pas nommés.
- ✅ Le reproche principal adressé à cette industrie — coupler le test à la vente de compléments — ne s’applique pas ici : le rapport Nahibu ne vend rien.
- ⏳ Délai : 4 à 8 semaines selon la page produit, 6 à 8 selon la FAQ, et plusieurs clients rapportent plus de deux mois.
- ⛔ Aucun test de microbiote, celui-ci compris, ne pose de diagnostic. Des symptômes persistants relèvent d’un médecin, pas d’un kit.
Nahibu : qui est cette entreprise ?
Nahibu est une société rennaise fondée en 2019 par Pierre et Chrystèle Cressard, installée au Biopôle, rue Pierre Joseph Collin. Elle analyse le microbiote intestinal à partir d’un prélèvement de selles réalisé à domicile, dans son propre laboratoire de séquençage. Ses kits sont vendus en ligne.
L’offre tient en deux lignes : le kit à 199 €, et une consultation facultative de 30 minutes avec une diététicienne-nutritionniste à 50 €, soit 249 € au total. L’analyse est identique dans les deux cas — la consultation ne sert qu’à vous faire lire le rapport. La livraison du kit et le retour de l’échantillon sont inclus en France.
Transparence : le lien vers Nahibu présent sur cette page est affilié, et le code promotionnel nous rapporte une commission si vous l’utilisez. Cela ne change rien au prix que vous payez, et cela n’a pas modifié une ligne de ce qui suit — vous constaterez que cet article est loin d’être un argumentaire de vente.
Ce que contiennent vraiment les 14 pages du rapport
Nahibu met un rapport d’exemple complet en téléchargement libre avant l’achat. C’est suffisamment rare pour être signalé, et cela permet de décrire précisément ce que vous recevez. Voici le contenu, page par page.
| Section | Ce qu’elle contient |
|---|---|
| Synthèse (p. 1) | Richesse (nombre d’espèces détectées), indice de diversité de Shannon, entérotype, répartition par phylum, et 5 grands domaines fonctionnels notés |
| Potentiel fonctionnel (p. 2-4) | Production d’acides gras à chaîne courte (dont le butyrate), digestion et confort intestinal, immunité, capacités physiques, capacités neuro-psychiques. Chaque composé est classé Améliorable / Correct / Optimal par rapport à la cohorte Nahibu |
| Composition taxonomique (p. 5) | Genres d’intérêt, espèces « à impact positif » (Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila, Roseburia intestinalis…) et « à impact négatif » (Bilophila wadsworthia, Clostridioides difficile…), avec leur abondance en % |
| Méthodologie (p. 6) | Les 5 étapes du protocole, de la conservation de l’ADN au profilage taxonomique |
| Annexes descriptives (p. 7-9) | Une fiche par bactérie et par composé d’intérêt |
| Table d’abondance (p. 10-13) | La liste complète des espèces détectées, du phylum à l’espèce, avec le pourcentage de chacune |
Cette table d’abondance complète mérite qu’on s’y arrête. La plupart des tests grand public se contentent de quelques graphiques et d’une poignée d’espèces commentées. Ici, vous repartez avec l’inventaire brut — plusieurs dizaines de lignes. Ce n’est pas la donnée de séquençage elle-même, mais c’est nettement plus que la moyenne du marché.
La méthode : du shotgun, et ce que ça change
Shotgun contre 16S : la différence en une phrase
La majorité des tests vendus en France reposent sur le 16S : on amplifie une seule région du génome bactérien, commune à toutes les bactéries, et on la lit. C’est peu coûteux, mais l’amplification introduit des biais et l’identification s’arrête souvent au genre.
Le séquençage métagénomique shotgun lit l’ADN total présent dans l’échantillon, sans cibler de région. Il identifie jusqu’à l’espèce et permet, en prime, de repérer les gènes portés par ces bactéries — donc les fonctions qu’elles seraient en mesure d’exercer. C’est la méthode utilisée par la recherche. Sur ce point précis, Nahibu est au-dessus de la plupart de ses concurrents français grand public.
Le détail technique que personne d’autre ne publie
Le rapport annonce une profondeur cible de 20 millions de lectures en PE150, puis un sous-échantillonnage à 3 millions de lectures avec contrôle qualité et retrait des séquences humaines, afin que les échantillons restent comparables entre eux. La nomenclature employée dans la table d’abondance indique par ailleurs un pipeline bâti sur des outils bio-informatiques académiques de référence.
Ces chiffres paraissent anecdotiques. Ils ne le sont pas : comme on va le voir, l’absence de ce genre d’information est précisément ce que les microbiologistes reprochent à la profession.
Le problème que Nahibu ne peut pas résoudre seul
À partir de juin 2024, le groupe de travail MicMaC de la Société Française de Microbiologie a mené une expérience simple et redoutable. Les chercheurs ont fabriqué un échantillon de selles unique — un mélange homogénéisé provenant de trois hommes hospitalisés en phase aiguë d’infarctus. Ils l’ont divisé, puis envoyé à cinq laboratoires français proposant une analyse sans consultation préalable, en se faisant passer pour un patient de 40 ans sans antécédent.
Même selle. Cinq rapports. Voici ce qu’ils ont obtenu.
| Ce qui a été comparé | Résultat |
|---|---|
| Indice de diversité (alpha-diversité) | De 3,64 à 6,11 selon le laboratoire — les auteurs parlent d’une « variation biologiquement implausible » |
| Conclusion sur l’équilibre du microbiote | Contradictoire : « eubiose » chez les uns, « dysbiose » chez les autres |
| Longueur des rapports | De 9 à 36 pages |
| Données brutes de séquençage | Aucun laboratoire n’en a fourni |
| Recommandations alimentaires | Souvent non personnalisées, sources parfois absentes, et renvoi vers un accompagnement payant |
Deux précisions, parce qu’elles comptent. Les cinq laboratoires ne sont pas nommés dans la publication : rien ne permet d’affirmer que Nahibu en faisait partie, et nous ne l’écrirons pas. Et il s’agit d’une lettre à la rédaction de Gut — relue par les pairs et porteuse de données originales, mais pas d’un essai clinique.
Ce que cette étude démontre n’est pas que le séquençage ne fonctionne pas. C’est que deux prestataires différents ne vous diront pas la même chose de la même selle. Tant qu’il n’existe ni standardisation ni valeurs de référence validées, aucun chiffre isolé d’un rapport de microbiote ne doit être pris pour une mesure de votre état de santé — y compris ceux de Nahibu.
Référence : Pichon M, Bouleti C, MICMAC Study Group SFM, Héry-Arnaud G, Burucoa C. « Heterogeneity and lack of standardisation in gut microbiome testing: a comparative assessment of French medical biology laboratories », Gut 2026;75(7):1454.
Trois réserves sur le rapport lui-même
Des rubriques « Dépression » et « Stress » déduites de la présence de gènes
La partie « potentiel fonctionnel » du rapport comporte des rubriques intitulées « Sommeil », « Stress, anxiété », « Capacités cognitives et mémoire » et « Dépression, troubles de l’humeur ». Elles sont renseignées à partir de la détection de gènes permettant la production de GABA, de tryptophane ou de tyrosine.
La chaîne de raisonnement est longue : la présence d’un gène ne dit pas qu’il est exprimé, l’expression ne dit pas quelle quantité de molécule est produite, et la production intestinale ne dit pas qu’elle atteint le cerveau — le GABA d’origine intestinale franchit d’ailleurs très mal la barrière hémato-encéphalique. Nahibu emploie le mot « potentiel » et répète en pied de chaque page que le rapport n’a pas de valeur diagnostique, ce qui est honnête. Mais un intitulé « Dépression » dans un document grand public invite exactement l’interprétation que l’avertissement interdit.
Une annexe qui va plus loin que les preuves
Les fiches descriptives des pages 7 à 9 sont parfois trop affirmatives. L’exemple le plus net : le rapport écrit qu’Akkermansia muciniphila « permet de lutter contre la prise de poids ». C’est une formulation que les données humaines ne soutiennent pas en l’état — nous détaillons pourquoi dans notre article sur Akkermansia muciniphila. On trouve dans le même registre la spermidine qui « aide à lutter contre l’obésité » ou Coprococcus associé à « la prévention du cancer ».
Ces raccourcis n’invalident pas la mesure — l’abondance relevée reste l’abondance relevée. Ils changent en revanche la façon dont le lecteur va l’interpréter, et c’est précisément là que se joue l’utilité d’un rapport.
Un délai annoncé à deux vitesses
La page produit et la page d’accueil annoncent 4 à 8 semaines après réception de l’échantillon au laboratoire. La FAQ du même site annonce 6 à 8 semaines. L’écart n’est pas anodin quand on attend un résultat payé 199 €, et il faut y ajouter le délai d’acheminement du kit puis celui du retour, qui ne sont pas comptés.
Ce que disent les clients
Il faut être clair sur ce que valent les avis Nahibu disponibles en ligne : la marque ne totalise que six avis Trustpilot, étalés de 2022 à 2026, pour une note de 3,3 sur 5. Six témoignages auto-sélectionnés ne constituent pas une mesure. Leur contenu est en revanche instructif, parce qu’un thème y revient.
- Les délais dominent les avis négatifs. Une cliente belge décrit en 2022 plus de trois mois d’attente et un « problème technique ». Un client à sa quatrième commande écrit en avril 2025 : « délai extraordinairement long, plus de deux mois ».
- Des recommandations jugées non personnalisées. Un avis de janvier 2024 évoque la « superficialité des résultats » et des « conseils généralistes [qui] peuvent s’appliquer à tous ». ⚠️ C’est mot pour mot le reproche de l’étude parue dans Gut : deux sources indépendantes qui convergent pèsent plus lourd que six avis.
- Un rapport qui se serait allégé. Une cliente depuis 2021 écrit en mars 2026 avoir reçu « un rapport beaucoup moins poussé que par le passé » pour le même prix. Elle défend par ailleurs Nahibu sur les délais, ce qui rend son reproche plus crédible.
- Un avis positif détaillé (octobre 2025) salue la simplicité du kit, la clarté des résultats et la réactivité du service client.
Notons aussi ce qu’on ne trouve nulle part : aucun test indépendant de Nahibu n’a jamais été publié en français. Les vidéos « avis » qui remontent dans les résultats de recherche sont des témoignages produits par la marque elle-même sur sa propre chaîne.
Ce que Nahibu fait mieux que la moyenne de sa catégorie
L’étude de la SFM formule cinq reproches précis. Ils constituent une grille de lecture utilisable avant n’importe quel achat. Voici ce qu’elle donne appliquée à Nahibu.
| Reproche fait à la catégorie | Nahibu |
|---|---|
| Méthode et pipeline à peine documentés | ✅ Profondeur, sous-échantillonnage et traitement annoncés dans le rapport |
| Du 16S vendu au prix du shotgun | ✅ Shotgun réel, laboratoire en France |
| Pas de rapport consultable avant l’achat | ✅ Exemple complet de 14 pages en téléchargement libre |
| Renvoi vers un accompagnement à 400-500 € | ✅ Consultation facultative à 50 € |
| Test couplé à la vente de compléments | ✅ Le rapport ne vend rien : aucune mention de complément ni de marque de probiotique dans les 14 pages, et le catalogue ne contient que le kit et la consultation |
| Aucune donnée brute fournie | ❌ Pas de donnée brute non plus — mais la table d’abondance complète est donnée |
Ce dernier point mérite d’être souligné, parce qu’il s’agit du reproche central adressé à cette industrie, y compris par l’INSERM : le couplage entre un test et la vente de compléments. Nous avons cherché ce conflit d’intérêts dans le rapport de Nahibu. Il n’y est pas. Le mot « probiotique » n’y apparaît qu’une fois, dans une fiche descriptive, sans lien commercial.
Voir le kit Nahibu ↗
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Verdict : pour qui, et à quelles conditions ?
Aucun test de microbiote grand public, Nahibu compris, ne vous dira ce dont vous souffrez. Si vous avez des symptômes digestifs persistants, des douleurs, du sang dans les selles ou une perte de poids inexpliquée, l’argent est mieux placé dans une consultation chez un gastro-entérologue. Un test à 199 € ne remplace ni une coloscopie, ni une analyse parasitologique, ni un avis médical. Pour savoir ce qui doit vous alerter, voir notre article sur les signes d’une dysbiose intestinale.
- ✅ Le test peut avoir du sens si vous êtes curieux de la composition de votre flore, que vous acceptez de payer 199 € pour une photographie descriptive, et que vous comptez vous en servir comme point de départ d’un changement alimentaire — pas comme d’un diagnostic.
- ✅ Et si vous en achetez un, le profil de Nahibu est le plus solide que nous ayons examiné sur le marché français grand public : shotgun réel, laboratoire en France, rapport consultable avant l’achat, inventaire complet remis, et aucun complément à vendre au bout.
- ⛔ Passez votre chemin si vous attendez un diagnostic, si vous espérez une explication à des symptômes précis, ou si un délai pouvant dépasser deux mois vous pose problème.
- ⛔ Et ne prenez aucune décision de santé — arrêt d’un traitement, régime d’éviction prolongé — sur la seule base d’un rapport de microbiote, quel que soit le prestataire.
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Si vous cherchez plutôt à agir sans passer par un test, la démarche la plus rentable reste l’alimentation : voir notre guide pour reconstituer sa flore intestinale et notre inventaire des fibres prébiotiques. Pour situer Nahibu face aux autres offres françaises, notre comparatif des tests de microbiote détaille les quatre principales.
Questions fréquentes sur Nahibu
Le test Nahibu est-il remboursé ?
Non. Aucun test de microbiote grand public n’est remboursé par l’Assurance Maladie, et Nahibu ne fait pas exception. Ce n’est pas un examen de biologie médicale au sens du code de la santé publique. Quelques mutuelles remboursent parfois une partie des analyses de prévention, mais il faut le vérifier au cas par cas.
Combien de temps faut-il vraiment attendre ses résultats ?
Nahibu annonce 4 à 8 semaines sur sa page produit et 6 à 8 semaines dans sa FAQ, dans les deux cas à compter de la réception de l’échantillon au laboratoire. Il faut donc y ajouter l’envoi du kit et son retour. Plusieurs clients rapportent des délais supérieurs à deux mois. Comptez large.
Quelle différence avec un test 16S moins cher ?
Le 16S amplifie une région unique du génome bactérien et s’arrête souvent au genre. Le shotgun lit l’ADN total, identifie jusqu’à l’espèce et détecte les gènes présents. C’est techniquement supérieur. Attention toutefois : l’étude parue dans Gut a montré que la méthode seule ne garantit pas la reproductibilité d’un laboratoire à l’autre.
Peut-on récupérer ses données brutes de séquençage ?
Non, et c’est le cas de tous les laboratoires testés par la SFM. Vous recevez en revanche la table d’abondance complète des espèces détectées, ce qui permet au moins de comparer deux prélèvements successifs chez le même prestataire.
La consultation à 50 € vaut-elle le coup ?
Il s’agit d’un entretien téléphonique de 30 minutes avec une diététicienne-nutritionniste, destiné à vous expliquer votre rapport. Nahibu précise explicitement qu’il « ne transforme pas l’analyse en test diagnostique ». C’est utile si les indicateurs vous semblent opaques ; c’est inutile si vous attendez de cet échange une réponse médicale.
Peut-on se faire rembourser si on change d’avis ?
Oui, sous conditions : 14 jours après réception pour notifier la rétractation, et le kit ne doit pas avoir été descellé. Les frais de renvoi restent à votre charge (article 15 de leurs conditions générales de vente).
